Là où le Great Glen rencontre l'Atlantique, les rivières d'eau douce se déversent dans des détroits soumis aux marées sous le Ben Nevis, créant des remontées d'eau riches en nutriments qui attirent les phoques gris, les grands dauphins et les marsouins communs toute l'année. Le canal calédonien, ouvert par le capitaine Thomas Telford, a ouvert l'extrémité nord du loch au trafic commercial en 1822, reliant les flottilles de harengs et les péniches de bois à Inverness. Les touristes victoriens ont suivi en bateau à aubes, embarquant sur le quai en pierre de Fort William pour photographier les ruines du château de Stalker et le phare isolé sur l'île de Lismore. Aujourd'hui, le loch reste une voie navigable active — des ferries traversent vers Ardgour, des chalutiers à crevettes remontent leurs casiers au large de Corran Point, et des charters de yachts naviguent dans le détroit de Mull.
Les croisières sur le Loch Linnhe suivent ces routes historiques, se faufilant entre des îlots boisés et des péninsules où paissent les moutons, là où les aigles royaux chassent depuis leurs nids sur les falaises. Le fond marin descend jusqu'à 150 mètres dans le bassin central, abritant des populations d'étoiles de mer, de coquilles Saint-Jacques et de moules de roche qui nourrissent les plongeurs et les eiders hivernants. À bord, des naturalistes identifient les requins pèlerins lors des efflorescences planctoniques estivales et les petits rorquals qui font surface au large de Duror en septembre. Les opérateurs privilégient un tourisme à faible impact : les moteurs sont coupés lorsque les cétacés font surface, et les permis d'accostage sur les îles inhabitées sont tournants afin de protéger les sternes et les huîtriers nicheurs. La rive orientale abritée, bordée de pins sylvestres et de bouleaux, offre des eaux calmes même lorsque les vents d'Atlantique s'engouffrent dans le Lynn of Lorne.
Les excursions en bateau sur le Loch Linnhe vont des survols de la faune de deux heures aux tours complets de Lismore, l'île calcaire dont la cathédrale médiévale servait les évêques d'Argyll. Des navires plus petits font un détour par le Loch Eil pour admirer le monument de Glenfinnan et le viaduc ferroviaire où le train à vapeur Jacobite traverse 21 arches au-dessus de la rivière Finnan. Les photographes apprécient les traversées d'automne lorsque le soleil bas illumine les crêtes de quartzite du Beinn a' Bheithir et que les cerfs élaphes brament à travers la péninsule d'Appin. Les avis sur les croisières du Loch Linnhe mentionnent fréquemment des observations d'aigles de mer à queue blanche réintroduits à Mull en 2019, dont l'envergure de deux mètres se détache sur les collines de Morvern. Fort William reste le centre d'embarquement, son quai victorien reconstruit en 2003 pour accueillir les catamarans touristiques modernes et les semi-rigides partant toutes les heures pendant la haute saison.